Aby oczyścić wodę w basenie, należy ją przefiltrować. Bardzo dobrze sprawdzają się filtry piaskowe. Za pomocą pompy ssąco-tłoczącej poprzez skimmer, pobierana jest z basenu zanieczyszczona woda. Trafia ona do zbiornika filtra wypełnionego piaskiem kwarcowym, na którym osadzają się wszelkie zanieczyszczenia, a czysta woda zostaje przez dysze wlotowe powtórnie skierowana do basenu. Zanieczyszczenia znajdujące się na dnie basenu należy usunąć za pomocą odkurzacza basenowego. Filtry są głównym urządzeniem utrzymującym czystość wody. Jednakże bez środków chemicznych, utrzymanie czystości w wodzie basenowej, jest niemożliwe. Zaleca się, aby filtr piaskowy znajdował się w szczelnym pojemniku obok basenu, który należy osadzić w ziemi. Można również taki pojemnik (studzienkę) wykonać samodzielnie, np. wymurować.